耿真人祠在三皇殿的西厢，还有一处“耿真人祠”，供奉的是明代太清宫道士耿义兰，这是外地道教殿中没有的。在明朝万历年间，崂山太清宫曾发生过一次僧道争地的纠纷，作为太清宫道士的耿义兰，敢于斗争，上诉朝廷，历时16年，终于胜诉。太清宫通过这场官司，反因祸得福，获准重修。万历皇帝并赐太清宫《道臧》和《续道臧》各一部，计5485卷。耿道士亦被敕封为“护教真人”，崂山太清宫一时成为全国最有名望的道观。由于耿真人维护崂山道教有功，道士为之立祠。
耿义兰字芝山，号飞霞，山东高密人，生于明正德四年。嘉靖年间考中进士，后弃官在崂山太清宫拜高礼岩为师修道。数年后随师游华山，在北斗屏挂旃10余年，跟华山道士赵景虚学道理、演法术。后辞别师父游访北京白云观，挂旃数年，在白云观主持王昆阳门下学玄数年后返回崂山慈光洞静修。万历十三年，憨山和尚在太清宫前建海印寺，太清宫道士刘真湖与之争庙址，又以宫中主持之死引发官司。耿义兰助刘真湖、贾性全等人上诉于县、州、府衙，各级官吏因憨山有“国舅”之名，多次将耿义兰打得遍体鳞伤。耿义兰不屈，赴北京告御状而不得受理。耿不气馁，仍多方上告。如此10年，在白云观主持王昆阳的帮助下，此状于万历二十三年始获受理提审，又经5年案辩，终于胜诉。一场保护道教庙场的官司，历经16斫，耿道士受了无数次毒打和屈辱而不灰心，精诚所致金石为开。万历皇帝在御批“毁寺复宫”的同时，为嘉奖耿义兰护教有功，敕封他为“护教真人”，并颁赐新版本的《道藏》5485卷；钦赐御伞御棍、金冠紫袍，永镇山宫庙场。
经过这次官司，崂山太清宫由近乎凋蔽获得巨资修复，一时声名远播，各地道士纷纷前来参玄阅经，太清宫又是一番空前繁荣。
明朝万历四十七年（1619），耿义兰飞升，寿110岁。今太清宫三皇殿西侧有“耿真人祠”以记其功。
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